FCEUX是一個開放源代碼的NES和FCDS仿真器。它由多個FCE Ultra的多個改版合並而成。最初，Bero編寫了名為FCE的FC/NES模擬器，原本打算該名稱僅作臨時使用，但卻一直沿用了下來。Xodnizel使用SVGA運行庫將其擴展到了Linux系統，並做了簡單的開發。此時的代碼後遭遺棄，並替換成了可在DOS下運行的新代碼。直到1998年11月30日，FCE Ultra Beta 1發布。
FCE Ultra最初只能運行於DOS系統，直到0.18版纔使用SVGA運行庫作為靜態鏈接可執行文件擴展到Linux系統。第一個Windows版本則是0.25。 2000年11月12日，0.40版的源代碼發布，在之後很長一段時間裡，它的授權信息和FCE相同，直到2002年6月，0.80發布時將授權移至GNU下。 FCE Ultra由Xodnizel開發，在0.98.12發布後，開發進程中斷，官方網站停止更新，論壇也被關閉，只留下2004年8月發布的0.98.12預覽版源碼。由於缺乏官方監管，在此期間，FCE Ultra產生了諸多改版，如FCEU-MM、FCEU Rerecording和FCEUXD SP。
FCEU Rerecording版本是blip根據FCE Ultra 0.98.10修改而來，添加了錄制電影功能，用於TAS競速。 FCEU Rerecording作為分支，在此後的0.98.12版本裡加入了更多與錄制電影有關的功能。2006年，nitsuja和luke發布了FCEU 0.98.16，添加了只讀切換、定義快捷鍵和內存監視器功能。 2008年，mz、maximus、adelikat和nitsujrehtona重拾FCEU Rerecording並作為FCEU 0.98.17-0.98.28版本發布。FCEUD由Parasyte於2002年按照當時的FCE Ultra最新版本0.81.3修改而來，添加了調試器和一些其他功能，並起名FCE Ultra Debugger。
FCEUXD由bbitmaster於2004年1月根據FCEUD修改而來，並起名FCE Ultra Extended Debugger。添加了更多調試功能，如追蹤記錄器、十六進制編輯器、命名表查看器、代碼/數據記錄器、行內匯編器和金手指。最後一個版本是 FCEUXD 1.0a。FCEUXDSP由sp於2006年根據FCEUXD修改而來，進一步擴展了調試工具的功能和可用性。最後一個版本是1.07，添加了RAM過濾功能。FCEUXDSPCE根據FCEUXDSP修改而來，添加了文本鉤，它是FCEUD分支的最後一個子支，CE是“Champion Edition”的縮寫。FCEU-MM由CaH4e3根據FCE Ultra修改而來的非官方版本，可支持各種偏難怪Mapper，包括那些未授權的NES游戲。該版本現已並入FCEUX。
2006年3月，Anthony Giorgio和Mark Doliner接手了FCE Ultra的開發並命名為FCEUX，X意味著它是之前多個版本的合並。該項目從2006年起，由Zeromus和Rheiny開發，2008年8月之前加入的開發者有mz、adelikat、nitsujrehtona、maximus、CaH4e3、qFox、punkrockguy318、Sebastian Porst。AnS.FCEUX的Win32版本目前不支持TCP/IP聯網游戲，支持該功能的最新版本是FCE Ultra 0.98.9，但SDL版本支持。FCE Ultra曾有可運行在UNIX平臺上的版本，名為GFCE Ultra，圖形化終端使用GTK2用戶圖形界面庫以Python語言寫成。該版本後來於FCEUX 2.1.3中添加。 該模擬器目前已經支持DOS、Linux、Mac OS X、各種Unix平臺（如FreeBSD、Solaris和IRIX）、Windows、GP2X 、PlayStation、任天堂GameCube、Wii和Pepper Pad。
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